nucleotide blast中MegaBlast/Discontiguous MegaBlast/BlastN的区别与选择
今天在准备学院培训班的试讲，复习了这部分内容，于是写下来吧~ 从blastn页面上的简单帮助可以看到Highly similar sequences (megablast)多用于比较相似性比较高（相似性在95%以上）的序列，速度快；More dissimilar sequences (discontiguous...
View ArticleProtein Blast中Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST区别与选择
说完blastn，接着说blastp~blsatp中也有三个不同的算法可以选择，如下： blastp (protein-protein BLAST)就是简单地进行蛋白与蛋白的比对，寻找蛋白质相似序列； PSI-BLAST (Position-Specific Iterated...
View ArticleIllumina/Solexa测序Reads质量过滤软件包
刚刚在群组中看到SolexaQA软件包的发布，发表在BMC Bioinformatics上的文章，三大组件用途： * SolexaQA -- 从Fastq文件统计reads质量并可视化显示。 * DynamicTrim -- 根据用户设定的测序质量阈值过滤低质量碱基。 * LengthSort -- 根据用户设定的Reads长度过滤质量过滤后低于此长度的Reads。...
View Article序列拼接软件velvet 1.0.14发布
这个版本主要是修正了几个bug，加了一些小功能： 1、重新加入了每个标准输出信息的时间戳； 2、在帮助增添了对于k-mer长度的说明； 3、捕获写文件时发生的错误； 4、修正文件访问权限； 5、消除编译时的警告和错误； 6、修正一个死循环的bug； 7、修正一个内存溢出问题；...
View Article得分矩阵PAM与BLOSUM的比较与区别
对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一种就是PAM（Point Accepted Multation)，另一种就是BLOSUM。 1、PAM矩阵（Point Accepted Mutation）...
View Article应用于第二代测序技术的生物信息学工具[zz]
刚才闲逛发现了这篇被多家博客转载的文章，来自于SEQanswer，总结地比较全面，不过已经比较老了，随便看看~ Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche FLX, Illumina, Helicos, and SOLiD data....
View Article用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig
用罗氏454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好，而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差，所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在用newbler和velvet分别拼接454和Illumina的reads得到contigs之后，我们就需要将两者的contig再合并起来，得到更好的拼接结果。这里就介绍一个简单易用的软件minim...
View Article序列拼接软件velvet 1.1.01发布
2011-3-29日发布了velvet最新版本1.1.01，在这一版本中终于支持多线程运行了！！ 速度可以提高4-10倍，还有一些另外的修改，附上作者的原话： Dear Velvet users, it is my pleasure to announce the release of Velvet 1.1.01! Sylvain Forêt from ANU did a excellent job...
View Articlenucleotide blast(blastn)中空位罚分gap costs的计算方法
为什么要把这个看上去很简单的问题写下来呢，因为里面有些地方很容易引起误解，写下来给大家一个参考。...
View ArticleVelvet 1.2.06 发布
这一版本版本最大的改进就是可以不需要再将PE的两端数据合并到一起了，使用-separate参数可以使用两端分离的PE数据，其他没啥变化（难道这还不够你尖叫的吗？！），使用方法如下： velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa 转载请注明，出自：[丁丁博客]Velvet 1.2.06 发布
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